Dengan 40.000 spesies jenis tanaman, termasuk 3.000 jenis pohon dan 5.000 jenis anggrek, Indonesia mempunyai varietas flora terbesar daripada daerah tropis Afrika atau Amerika. Indonesia adalah rumah dari bunga bangkai yang bau dan terbesar Raflesia. Anggrek juga melimpah dan Indonesia adalah rumah dari anggrek terbesar Macan. Tanaman penangkap serangga Kantung Semar ditemukan di seluruh dataran sebelah barat Indonesia.

Hutan hujan tropis mendominasi di dataran rendah sebelah utara. Pohon kayu yang tinggi mendominasi hutan dan memberikan hasil yang bagus dari kayu, damar, minyak sayur dan biji-bijian. Pohon bakau dan pohon palem nipa mendominasi hutan di dataran rendah sebelah selatan.

Satwa di Indonesia dipisahkan oleh garis Wallace ke dalam daerah geografis Indo-Melayu dan Austro-Melayu. Daerah Indo-Melayu meliputi Jawa, Kalimantan, dan Sumetera dan mempunyai spesies yang mirip dengan spesies di daratan Asia. Orangutan hidup di hutan Sumatera dan Kalimantan. Banteng hidup di Kalimantan dan sebagian di Jawa seperti Taman Margasatwa Ujung Kulon di Jawa Barat. Bekanten dapat ditemukan di Kalimantan dan gajah , tapir dan siamang mendiami Sumatera.

Di akhir tahun 1990 sekitar 400 macan Sumatera tinggal di Sumatera. Bahkan di Taman Margasatwa diperkirakan paling sedikit 14 ekor dibunuh tiap tahunnya, beberapa oleh pemburu, lainnya oleh penduduk setempat karena macan memangsa babi. Macan di Jawa dipercaya telah punah begitupun di Bali.

Satwa dari daerah Austro-Melayu berhubungan dengan Australia. Papua adalah rumah dari burung kasuari dan banyak spesies burung yang berwarna-warni

Maluku, Sulawesi dan Pulau Nusa Tenggara terletak di antara dua wilayah yang lebih besar dan mempunyai satwa yang agak berbeda. Burung Maleo berasal dari Sulawesi. Komodo adalah kadal terbesar di dunia yang berkembang dengan panjang hingga 3 m.