Indonesia terletak di tenggara Daratan Asia dan barat laut Australia. Sekitar separuh dari sekitar 13.700 pulau didiami dan terletak di antara Samudera Pasifik dan Hindia. Kepulauan Indonesia terbentang 5.100 km di daerah khatulistiwa, jarak yang kira-kira 1/8 keliling bumi. Pulau utama adalah Jawa, Sumatera, dan Sulawesi. Indonesia berbagi Pulau Kalimantan dengan Malaysia dan Brunei; juga berbeagi Pulau Irian dengan Papua Nugini; Indonesia menempati bagian barat yang dikenal Irian Jaya (sekarang Papua). Pulau yang lebih kecil meliputi Madura, Lombok, Sumbawa, Flores dan Bali. Indonesia menempati bagian barat Pulau Timor. Indonesia memegang kekuasaan Timor Timur dari tahun 1975 hingga 1999, setelah penduduk setempat memutuskan untuk memisahkan diri. Teritorial Timor Timur dibawah kekuasaan PBB dari tahun 1999 hingga tahun 2002, ketika secara ofisial menjadi republik yang merdeka.

Indonesia dikelilingi oleh Laut Cina Selatan, Laut Sulawesi dan Samudera Pasifik di utara dan oleh Samudera Hindia di Selatan dan Barat. Laut terbuka terdiri dari Laut Jawa, Flores dan Banda yang membagi pulau utama Indonesia menjadi dua bagian yang tidak sama besar: di selatan, Pulau Sumatera yang panjang dan sempit, Jawa, Timor dan sebagainya; dan di utara, Pulau Sulawesi, Maluku dan Irian. Tiap pulau utama di utara mempunyai banyak pegunungan utama, dengan daratan datar di daerah pantai. Puncak Jaya (5.030 m), di pegunungan Sudirman, adalah puncak tertinggi. Di pulau sebelah selatan, rantai pegunungan berapi menjulang dengan ketinggian lebih dari 3.600 m dan membentang dari Sumatera di barat hingga Timor di timur. Puncak tertinggi di Kerinci (3.805 m) di Sumatera dan Semeru (3.676 m) di Jawa.

Daerah dataran rendah yang luas ada di Sumatera, Jawa, Kalimantan dan Papua. Selama berabad-abad, aliran vulkanik dari banyak gunung berapi telah menimbun tanah subur di dataran rendah, khususnya Jawa. Tanah vulkanik yang subur di Jawa mendukung populasi pertanian yang besar. Bagian lain Indonesia mengandung banyak kekayaan mineral, termasuk minyak di Kalimantan dan Sumatera, Kayu di Kalimantan dan Tembaga di Irian. Jarak terjauh dari utara ke selatan sekitar 1.900 km dan dari timur ke barat sekitar 5.100 km. Luas wilayah total Indonesia adalah 1.904.570 km persegi.