2005년 인도네시아의 상품 및 서비스용역 수출은 미화 836억 4천만 (US$. 83.64 Billion) 달러였으며 수입은 미화 620억 2천만 (US$. 62.02 Billion) 였다. 1990년 중반 인도네시아의 해외 송출 인력의 본국 송금액은 미화 4억 4천 9백만 (US$. 449 Million) 달러 였으며 이는 인도네시아의 경상수지 적자를 줄여주는데 이바지 하였다. 그러나 이 수치는 1990년도 말 아시아를 덮친 경제 위기 기간 동안 감소 하였으며, 즉 말레이시아 같은 인근국가로 송출 되었던 인도네시아 인력들은 귀국 하여야만 했었다. 역사적으로 인도네시아는 수출의 대부분 석유류가 차지하고 있었으므로 무역부문의 적자는 매우 적었으나, 최근 들어서는 제조업 제품 수출증가로 수출의존도에 대한 변화가 오고 있다.

1960년대와 1970년대에는 인도네시아 무역 수출입에 있어 국영무역회사의 역할이 컸다 그러나 1980년대에 정부가 경제개혁의 일환으로 일부 무역 제한 조처를 완화함으로 인하여 이들 국영무역회사의 영향력은 감소 하였다. 수하르토 대통령 집권 기간 동안, 개인 기업들은 일반적으로 대통령 친인척에 연관 되었었다 – 그러므로 클로브 같은 이윤이 많이 남는 특정 품목의 교역과 같은 특혜를 주었다. 이러한 특혜들은 수하르토 대통령 사임으로 종지부를 찍었다. 1990년대 주요 수출품목에는 석유류와 석유제품, 천연/가공 가스, 목재 및 목제품( 특히 제재목), 식품, 섬유, 금속, 신발류, 전기 및 전자제품들이 포함되었다. 농산품 수출에는 고무, 팜유, 커피, 향신료, 홍차, 코코아, 담배, 그리고 설탕이 포함되었다. 인도네시아의 주요 수입품목은 기계, 교통 및 전기설비, 화학제품 그리고 미네랄 제품이 포함되었다. 인도네시아의 주요 수출국은 일본, 미국, 싱가포르, 한국, 대만, 중국 그리고 홍콩이며, 주요 수입국은 일본, 미국, 한국, 독일, 싱가포르, 호주 그리고 대만이다.

인도네시아는 1967년 아시아 국가연합(ASEAN)의 창설 초기부터 회원국이며 1992년 제정된 아세안 자유무역지대(AFTA)에도 참여하고 있다. AFTA 조약에 근거하여, 인도네시아는 2003년까지 무역 관세를 5% 또는 그 이하로 인하해야만 했다. 인도네시아는 또한 미국과 일본등 태평양 연안국이 포함되어 있는 아시아-태평양 경제협력기구 (APEC)의 회원국이며, 역시 회원국간의 관세 인하를 추진하고 있다.